Практикум по молекулярной динамике

Данный практикум для тех, кто желает научиться молекулярно-динамическому моделированию в пакете Gromacs. В предложенных заданиях рассматриваются конкретные физические вопросы, начиная с самых простых, с последующим переходом к более сложным. Это позволяет постепенно, шаг за шагом, знакомиться с методом и осваивать пакет.

Для работы необходимо, чтобы на вашем компьютере был установлен пакет Gromacs под операционной системой Linux. На сайте приведены советы, как это можно сделать. Для выполнения задания нужно скачать соответствующий архивный файл и следовать указаниям.

Практикум является составной частью курса "Молекулярная динамика", который читается на физическом факультете НГУ для магистрантов кафедры химической и биологической физики. Он создавался для работы в компьютерном классе под руководством преподавателя. Однако теперь с ним можно работать самостоятельно.

В разработке практикума принимали участие А.В.Ким, А.В.Аникеенко. Н.Н.Медведев.

Как начать работу?

1. Перейти на страницу выбранного задания. Познакомиться с описанием работы.
2. Скачать архив с необходимыми файлами. Распаковать их в удобную для работы директорию на своем компьютере.
3. Приступить к работе согласно указаниям.

Задания практикума

Введение

• Справочная информация

I. Начало

• Работа 1. Знакомство с пакетом GROMACS

• Работа 2. Изучение влияния величины шага интегрирования и радиуса обрезания потенциала на точность МД-моделирования

II. Чистые жидкости

• Работа 3. Моделирование простой жидкости - аргон

• Работа 4. Вода. Плавление льда

• Работа 5. Вода. Сравнение свойств Tip4p-2005 и SPC моделей воды

• Работа 6. Метанол

• Работа 7. Жидкие С6-алканоы

III. Биологические системы

• Работа 8. Белок в воде

• Работа 9. Липидная мембрана

IV. Дополнительное

• Работа 10. Параметризация новой молекулы

• Работа 11. Расчёт свободной энергии растворения метана в воде

• Работа 12. Раствор метанол в воде